اجرای پژوهش‌های کاربردی یکی از الزامات بنیادی برای دستیابی به اهداف حفاظت منابع آب و خاک است. تحقيقات حفاظت خاك‌ و آبخيزداري ارائه‌ دهندۀ روش‌هاي ‌علمي‌، كارآمد، مطمئن‌ و اقتصادي‌ براي‌ مهار عوامل‌ تخريب خاك‌ و آب و ايجاد تعادل‌ هيدرولوژيكي‌ در كشور مي‌باشد. پژوهشکده حفاظت خاک و آبخیزداری به عنوان مرجع ملی تحقیقات در زمینه‌های متنوع آبخیزداری، اهداف جامع تحقیقات حفاظت خاک و آبخیزداری را در قالب 7 برنامه راهبردی:

(1) شناخت عوامل موثر بر فرسايش و رسوب

(2) بهينه سازي روش‌هاي حفاظت خاك در كشور

(3) بهينه‌سازی الگوهاي مديريت در حوزه‌هاي آبخيز

(4) مدیریت کاهش سیل‌خیزی حوضه‌های آبخیز

(5) بهره برداری از سیلاب و توسعه منابع آبی کوچک

(6) مديريت و حفاظت آبراههها و مسيلها و....

(7) تحقيقات مديريت و حفاظت مناطق ساحلي دنبال می‌نماید.

اين‌ پژوهشکده با در نظر گرفتن‌ زمينه‌هاي ‌متنوع‌ و ضرورت‌هاي‌‌ امروزه‌ تحقيقات آبخيزداري‌ در كشور اقدام ‌به‌ تشكيل‌ گروه‌هاي تحقيقاتي‌ به‌ شرح‌ زير نموده است:

1)    گروه پژوهشي مهندسي حفاظت آب و خاك ‌

2)    گروه پژوهشي مهندسي مديريت آبخيزها

3)    گروه پژوهشي هيدرولوژي‌ و توسعه‌ منابع‌ آب

4)    گروه پژوهشي خشكسالي و تغيير اقليم

5)    گروه پژوهشي مهندسي‌ رودخانه و حفاظت سواحل‌

پژوهشكده حفاظت خاك‌ و آبخيزداري‌ با دارا بودن 164 عضو هيئت علمي (34 نفر دكتري و 121 فوق ليسانس) و 450 نفر كارشناس و كارشناس ارشد پژوهشي با تخصص‌هاي آبخيزداري، مديريت مناطق بياباني، جغرافياي طبيعي، سنجش از دور و GIS، خاكشناسي، ژئوتكنيك، زمين شناسي، زمين شناسي مهندسي، هواشناسي، هيدرولوژي آب‌هاي سطحي و زيرزميني، هيدروليك رودخانه، هيدروليك سواحل، آبياري و زهكشي، جغرافياي انساني، برنامه‌ريزي روستايي، اقتصاد كشاورزي و ..... فعاليت دارد.